RNA抽取一般使用Trizol法抽提:
Trizol是一種總RNA抽提試劑,內(nèi)含異硫氰酸胍等物質(zhì),能迅速裂解細(xì)胞,抑制細(xì)胞釋放出的核酸酶活性。目前常用Trizol法進(jìn)行提取組織或細(xì)胞中的RNA。
Trizol作用原理:
在勻質(zhì)化或溶解樣品中,Trizol試劑可保持RNA的完整性,同時能破壞細(xì)胞及溶解細(xì)胞成分。加入氯仿離心后,裂解液分層成水相和有機相。RNA存在于水相中。
水相轉(zhuǎn)移后,RNA通過異丙醇沉淀回收。移去水相后,用乙醇可從中間相沉淀得到DNA,加入異丙醇沉淀可從有機相得到蛋白質(zhì)。
擴展資料
與DNA不同,RNA一般為單鏈長分子,不形成雙螺旋結(jié)構(gòu),但是很多RNA也需要通過堿基配對原則形成一定的二級結(jié)構(gòu)乃至三級結(jié)構(gòu)來行使生物學(xué)功能。
RNA的堿基配對規(guī)則基本和DNA相同,不過除了A-U、G-C配對外,G-U也可以配對。
在細(xì)胞中,根據(jù)結(jié)構(gòu)功能的不同,RNA主要分三類,即tRNA(轉(zhuǎn)運RNA),rRNA(核糖體RNA),mRNA(信使RNA)。mRNA是合成蛋白質(zhì)的模板,內(nèi)容按照細(xì)胞核中的DNA所轉(zhuǎn)錄;tRNA是mRNA上堿基序列(即遺傳密碼子)的識別者和氨基酸的轉(zhuǎn)運者;rRNA是組成核糖體的組分,是蛋白質(zhì)合成的工作場所。
參考資料來源:百度百科-RNA
通過變性劑破碎細(xì)胞或者組織,然后經(jīng)過氯仿等有機溶劑抽提RNA,再經(jīng)過沉淀,洗滌,晾干,最后溶解。
但是由于RNA酶無處不在,隨時可能將RNA降解,所以實驗中有很多地方需要注意,稍有疏忽就會前功盡棄。 0 T3 z( F& _, D6 c% ^" h6 Y A6 _RNA提取的一般步驟 - O: Y+ x$ p# s8 U4 M9 S 所有RNA的提取過程中都有五個關(guān)鍵點,即:樣品細(xì)胞或組織的有效破碎;有效地使核蛋白復(fù)合體變性;對內(nèi)源RNA酶的有效抑制;有效地將RNA從DNA和蛋白混合物中分離;對于多糖含量高的樣品還牽涉到多糖雜質(zhì)的有效除去。
但其中最關(guān)鍵的是抑制RNA酶活性。RNA的提取目前階段主要可采用兩種途徑:提取總核酸,再用氯化鋰將RNA沉淀出來;直接在酸性條件下抽提,酸性下DNA與蛋白質(zhì)進(jìn)入有機相而RNA留在水相。
第一種提取方法將導(dǎo)致小分子量RNA的丟失,目前該方法的使用頻率已很低。( O( g; ^+ K) f+ i& ]% P 實驗步驟: * l& d6 s5 e( q1 F( g2 | j, ^0 s 破碎組織→分離RNA→沉淀RNA→洗滌RNA→融解RNA→保存RNA。
6 D8 }. Q; Y, g* X 1、破碎組織和滅活RNA酶可以同步進(jìn)行,可以用鹽酸胍、硫氰酸胍、NP-40、SDS、蛋白酶K等破碎組織,加入β-ME可以抑制RNA酶活性。 " s% f, `0 [1 d* m! ]0 e2、分離RNA一般用酚、氯仿等有機溶劑,加入少量異戊醇,經(jīng)過此步,離心,RNA一般分布于上層,與蛋白層分開。
& X. P) i) Y; L# u/ [3、沉淀RNA一般用乙醇、3M NaAc(pH-5.2)或異丙醇。2 @0 d& z7 ?+ i, g1 @ 4、洗滌RNA使用70%乙醇洗滌,有時,為避免RNA被洗掉,此步可以省掉,洗滌之后可以晾干或者烤干乙醇,但是不能過于干燥,否則不易溶解。
3 @% V" o9 v+ I1 J2 o9 k" z5、融解RNA一般使用TE。 ; L5 f. n6 }( S1 t% Z& J6、保存RNA應(yīng)該盡量低溫。
為了防止痕量RNase的污染,從富含RNase的樣品(如胰臟、肝臟)中分離到的RNA需要貯存在甲醛中以保存高質(zhì)量的RNA,對于長期貯存更是如此。從大鼠肝臟中提取的RNA,在水中貯存一個星期就基本降解了,而從大鼠脾臟中提取的RNA,在水中保存3年仍保持穩(wěn)定。
另外,長度大于4kb的轉(zhuǎn)錄本對于痕量RNase的降解比小轉(zhuǎn)錄本更敏感。為了增加貯存RNA樣品的穩(wěn)定性,可以將RNA溶解在去離子的甲酰胺中,存于-70℃。
用于保存RNA的甲酰胺一定不能含有降解RNA的雜物。來源于胰臟的RNA至少可以在甲酰胺中保存一年。
當(dāng)準(zhǔn)備使用RNA時,可以使用下列方法沉淀RNA:加入NaAc至0.3M,12,000*g離心5分鐘。 & P3 [7 m* ^$ U$ _" ? : F" x u* N( ?( I氯化鋰法提取總RNA: " u; }' I! r' ^' ^& l 本方法用高濃度尿素變性蛋白并抑制RNA酶,用氯化鋰選擇沉淀RNA,其特別適合于從大量樣品中提取少量組織RNA,具有快速簡潔的長處,但也存在少量DNA的污染及RNA得率不高,小RNA片斷丟失的缺陷。
# ~* S: }9 `* r4 Z3 P 試驗試劑: " d$ r6 Q+ _. I8 Q1、氯化鋰/尿素溶液【氯化鋰126g(3M) 尿素、360g(6M) 加水至1L,過濾滅菌】 7 _8 w1 t" o9 a' q! i4 Z2、懸浮液【10mM? Tris-HCL (pH7.6) ,1mM? EDTA (pH8,0) ,0.5%SDS】 ! m8 Q4 R, ]& y: b# `7 d試驗步驟:7 [6 ?$ `* }; o7 _ Z' { 1、對于大量組織或細(xì)胞,則每克組織或細(xì)胞加入5-10ml氯化鋰-尿素溶液,勻槳器高速勻槳2分鐘;對于少量細(xì)胞(107個細(xì)胞/ml),則每克組織或細(xì)胞加入0.5ml氯化鋰-尿素溶液手工勻槳,并轉(zhuǎn)移至Eppendof管中。& Y) b: E, Q" l/ ^ Q: \$ s 2、勻槳液在0-4℃放置4小時后,12000g離心30分鐘。
x- C6 D- N/ N0 K! t2 a 3、取沉淀,加入原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液,重復(fù)步驟2。 ) y- x) S0 K9 y6 j, e4、沉淀用原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液復(fù)溶后,加入等體積酚/氯仿/異戊醇在室溫放置15-30分鐘并不時搖動混勻,4000g離心5分鐘。
3 d2 v' i1 ~( ~* D5、取上層水相,加1/10倍體積的3M乙酸鈉(pH5.2)及2倍體積的乙醇,-20℃放置1小時,5000g離心。 L4 a' Q4 u" l: a* K% Z$ ?( e6、70%乙醇洗沉淀一次。
真空干燥。3 }; r0 [/ Q' G9 q 7、RNA溶解液溶解沉淀,得RNA,分裝,于-70℃保存。
0 f. X% R( H% B7 g ! y7 j5 u$ C' |) [% ~! J3 D: Q蛋白酶-熱酚法6 |" ^0 b* [) P3 S* c4 b4 H4 l 本方法適合于病毒RNA的提取 * I( i+ b# r! K試驗試劑: $ ?4 [7 H9 `) J1、蛋白酶K(終濃度50ug/ml), J5 p l6 V/ t7 [/ I 2、2*緩沖液:1%SDS? 20mMTris-HCL (pH 7.6)? 0.2MnaCL9 h, p ] y+ \$ Z) O 試驗步驟:# W3 v8 G1 [$ ]5 y 1、提純病毒液中加入等體積緩沖液、蛋白酶K,37℃40-50分鐘。 - K0 p/ E' G0 M# Q- z7 n, {# d2、加入等體積65℃預(yù)熱的酚溶液,輕徭,在65℃保溫5分鐘后再輕徭。
w! `; W( ~, E: i3 ^3、離心,取上清,氯仿抽提一次。, |( Z0 d; j2 @7 m+ d2 Q& x H 4、取上層水相,加1/10倍體積的3M乙酸鈉(pH5.2)及2倍體積的乙醇,-20℃放置1小時,5000g離心(10000g,10min)。
7 [/ w, h2 d6 U$ k5、70%乙醇洗沉淀一次。真空干燥。
% A5 Y; {( w% ]3 a* y, O e) P6、RNA溶解液溶解沉淀,得RNA,分裝,于-70℃保存。植物RNA提取過程中難點的相應(yīng)對策 植物RNA提取過程中難點的相應(yīng)對策 ) o5 B7 d/ Q3 _酚類化合物的干擾及對策: 。
常見的RNA提取方法有苯酚法、陰離子去污劑法、LiCl一尿素法、改良的Gomez法、異硫氫酸胍法、CTAB法、熱硼酸法及改良熱硼酸法、TRIZOL試劑快速提取法。
RNA提取時,就變性劑的選擇來說,CTAB(CTAB法)比異硫氰酸胍(RIZOL試劑法)和 SDS(改良熱硼酸法)更有效;就CTAB法來說,由于以CTAB為變性劑,同時加入PVP和β一巰基乙醇共同作用變性蛋白、抑制RNase的活性,使用無水乙醇或異丙醇沉淀雜蛋白和總核酸等,然后再選擇性地分離出RNA。
1、酚抽提法:先用蛋酶K、SDS破碎細(xì)胞,消化蛋白,然后用酚和酚-氯萃取,高速離心后取上清,所得DNA大小為100-150kb
2、甲酰胺解聚法:破碎細(xì)胞同上,然后用高濃度甲酰胺解聚蛋白質(zhì)與DNA的結(jié)合,再透析獲得DNA可得DNA200kb左右。
3、玻璃棒纏繞法:用鹽酸胍裂解細(xì)胞,將裂解物鋪于乙醇上,然后用帶鉤或U型玻璃棒在界面輕攪,DNA沉淀液繞于玻棒。生成DNA約80kb。
4、異丙醇沉淀法:基本同1法,僅用二倍容積異丙醇替代乙醇,可去除小分子RNA(在異丙醇中可溶狀態(tài))
5、表面活性劑快速制備法:用Triton X-100A或NP40表面活性劑破碎細(xì)胞,然后用蛋白酶K或酚去除蛋白,乙醇沉淀或透析。
6、加熱法快速制備:加熱96℃-100℃,五分鐘,然后離心后取上清,可用于PCR反應(yīng)。
7、堿變性快速制備:先用NaOH作用20分鐘,再加HCI中和,離心后取上清,含少量DNA。
擴展資料:
DNA提取原則:
1、保證核酸一級結(jié)構(gòu)的完整性;
2、核酸樣品中不應(yīng)存在對酶有抑制作用的有機溶劑和過高濃度的金屬離子;
3、其他生物大分子如蛋白質(zhì)、多糖和脂類分子的污染應(yīng)降低到最低程度;
4、其他核酸分子,如RNA,也應(yīng)盡量去除。
參考資料來源:百度百科——DNA提取
1.提取
稱取鮮酵母 159或干酵母粉 2.5g,倒入 100ml三角瓶中,加 NaCl 2.5g,水25ml,攪拌均勻,置于沸水浴中提取lh。
2.分離
將上述提取液用自來水冷卻后,裝入大離心管內(nèi),以4000r/min離心10min,使提取液與菌體殘渣等分離。
3.沉淀RNA
將離心得到的上清液傾于50ml燒杯內(nèi),并置入放有冰塊的250ml燒杯中冷卻.待冷至10℃以下時,用6mol/L HCI 小心地調(diào)節(jié)pH值至2.0~2.5(注意嚴(yán)格控制pH)。調(diào)好后繼續(xù)于冰水中靜置10min,使沉淀充分,顆粒變大。
4.洗滌和抽濾
上述懸浮液以 4000r/min離心 10min,得到 RNA沉淀。將沉淀物放在 10ml小燒杯內(nèi),用95%的乙醇 5~10ml充分?jǐn)嚢柘礈?,然后在布氏漏斗上用射水泵抽氣過濾,再用 95%乙醇5~10ml淋洗 3次。
5.干燥
從布氏漏斗上取下沉淀物,放在6cm表面皿上,鋪成薄層,置于80℃烘箱內(nèi)干燥。將干燥后的RNA制品稱重,存放于干燥器內(nèi)。
1.提取稱取鮮酵母 159或干酵母粉 2.5g,倒入 100ml三角瓶中,加 NaCl 2.5g,水25ml,攪拌均勻,置于沸水浴中提取lh。
2.分離將上述提取液用自來水冷卻后,裝入大離心管內(nèi),以4000r/min離心10min,使提取液與菌體殘渣等分離。3.沉淀RNA 將離心得到的上清液傾于50ml燒杯內(nèi),并置入放有冰塊的250ml燒杯中冷卻.待冷至10℃以下時,用6mol/L HCI 小心地調(diào)節(jié)pH值至2.0~2.5(注意嚴(yán)格控制pH)。
調(diào)好后繼續(xù)于冰水中靜置10min,使沉淀充分,顆粒變大。 4.洗滌和抽濾 上述懸浮液以 4000r/min離心 10min,得到 RNA沉淀。
將沉淀物放在 10ml小燒杯內(nèi),用95%的乙醇 5~10ml充分?jǐn)嚢柘礈?,然后在布氏漏斗上用射水泵抽氣過濾,再用 95%乙醇5~10ml淋洗 3次。5.干燥從布氏漏斗上取下沉淀物,放在6cm表面皿上,鋪成薄層,置于80℃烘箱內(nèi)干燥。
將干燥后的RNA制品稱重,存放于干燥器內(nèi)。
1. 勻漿處理:a.組織 將組織在液氮中磨碎,每50-100mg組織加入1ml TRIzol,用勻漿儀進(jìn)行勻漿處理。樣品體積不應(yīng)超過TRIzol體積10℅。
b.單層培養(yǎng)細(xì)胞 直接在培養(yǎng)板中加入TRIzol裂解細(xì)胞,每10cm2面積(即3.5cm直徑的培養(yǎng)板)加1ml,用移液器吸打幾次。TRIzol的用量應(yīng)根據(jù)培養(yǎng)板面積而定,不取決于細(xì)胞數(shù)。TRIzol加量不足可能導(dǎo)致提取的RNA有DNA污染。
c.細(xì)胞懸液 離心收集細(xì)胞,每5-10*106動物、植物、酵母細(xì)胞或1*107細(xì)菌細(xì)胞加入1ml TRIzol,反復(fù)吸打。加TRIzol之前不要洗滌細(xì)胞以免mRNA降解。一些酵母和細(xì)菌細(xì)胞需用勻漿儀處理。
2.將勻漿樣品在室溫(15-30℃)放置5分鐘,使核酸蛋白復(fù)合物完全分離。
3.可選步驟:如樣品中含有較多蛋白質(zhì),脂肪,多糖或胞外物質(zhì)(肌肉,植物結(jié)節(jié)部分等)可于2-8℃10000*g離心10分鐘,取上清。離心得到的沉淀中包括細(xì)胞外膜,多糖,高分子量DNA,上清中含有RNA。處理脂肪組織時,上層有大量油脂應(yīng)去除。取澄清的勻漿液進(jìn)行下一步操作。
生物上面有這方面的介紹,空心纖維細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)
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